RNA-seq 준비사항: rRNA 제거, 라이브러리 키트 및 멀티플렉스 올리고에 대한 자세한 가이드

RNA sequencing 준비사항

RNA Sequencing 준비사항:

RNA-seq, rRNA 제거 및 라이브러리 제작

RNA 시퀀싱(RNA-seq)은 유전체 연구에서 필수적인 기술로, 세포 내 RNA의 전체 프로파일을 분석하여 유전자 발현과 전사체 변화를 파악하는 데 활용됩니다. 하지만 성공적인 RNA-seq 분석을 위해서는 적절한 rRNA 제거(rRNA depletion) 및 고품질 RNA 라이브러리(library) 제작이 필수적입니다.

이 글에서는 RNA-seq을 위한 중요한 준비 단계와 NEB의 고성능 rRNA 제거 키트 및 라이브러리 제작 키트에 대해 자세히 설명합니다.

📌 RNA-seq 준비 과정

RNA-seq 실험을 성공적으로 수행하려면 다음 단계를 철저히 준비해야 합니다.

  1. 샘플 준비 및 RNA 추출
  2. rRNA 제거(rRNA depletion) 또는 Poly(A) 선택(poly(A) enrichment)
  3. 라이브러리 제작(library preparation) 및 증폭
  4. 시퀀싱(Sequencing) 및 데이터 분석

🔬 1. rRNA 제거: 실험의 성패를 좌우하는 핵심 과정

총 RNA(total RNA)에는 단백질을 암호화하는 mRNA뿐만 아니라 리보솜 RNA(rRNA), 전이 RNA(tRNA), 비암호화 RNA(ncRNA) 등이 포함되어 있습니다.

이 중 rRNA는 RNA-seq에서 가장 큰 노이즈(background signal)로 작용하기 때문에 제거하는 것이 중요합니다.

🔥 rRNA 제거 방식

  • ✅ Enzymatic depletion (효소 기반 제거)
  • ✅ Oligo-based depletion (올리고 기반 제거)

NEB의 rRNA 제거 키트는 효소 및 올리고 혼합 방식을 사용하여, 높은 효율로 rRNA를 제거합니다.

🏆 NEB의 rRNA Depletion Kit 비교

제품명 대상 특징
E7850 NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria) 박테리아 rRNA 제거 (5S, 16S, 23S) 세균 유전체 연구 필수
E7405 NEBNext® rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat) 사람, 마우스, 랫 rRNA 제거 (세포질 및 미토콘드리아 rRNA 포함) 성능 업그레이드
E7750 NEBNext® Globin & rRNA Depletion Kit 글로빈 및 rRNA 제거 혈액 샘플 연구에 적합

💡 주의사항

  • E7405는 RNA Sample Purification Beads 포함/미포함 선택 가능
  • E7850, E7750은 RNAClean® Beads 별도 구매 필요

NEB의 rRNA 제거 키트는 프라이머(Primer)를 세밀하게 설계하고, 효소(Enzyme)를 활용하여 다양한 rRNA를 효율적으로 제거할 수 있도록 최적화되어 있습니다.

📢 왜 NEB의 rRNA 제거 키트가 더 우수한가?

  • 최적화된 프라이머 디자인으로 비특이적 결합 최소화
  • 효소 기반 제거로 보다 깨끗한 RNA 확보
  • 다양한 샘플 적용 가능(세균, 포유류, 혈액 샘플 등)

🧬 2. RNA Library 제작: RNA-seq의 핵심

RNA-seq에서 라이브러리 제작(library preparation) 과정은 분석의 정확도를 결정짓는 중요한 단계입니다.

✅ RNA Library Kit 선택

제품명 샘플 입력량 특징
E3330 NEBNext UltraExpress® RNA Library Prep Kit 25 - 250 ng total RNA 빠른 워크플로우 (3시간)
E7765 NEBNext® Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit 10 ng – 1 µg Total RNA 다양한 실험 조건 조절 가능

💡 비교 포인트

  • E3330은 Ultra™ II 제품(6시간)보다 3시간 단축된 워크플로우 제공
  • E7765는 RNA Sample Purification Beads 포함/미포함 옵션 선택 가능

📢 왜 NEB의 RNA Library Kit를 선택해야 할까?

  • 실험 시간을 단축하고 효율성을 극대화
  • 고품질 RNA-seq 데이터를 위한 최적의 워크플로우 제공
  • 다양한 샘플 입력량과 실험 조건에 유연하게 대응 가능

🎯 3. Multiplex Oligos 선택: 비용 절감 & 효율성 극대화

시퀀싱 비용 절감을 위해서는 Multiplex Oligos를 사용하여 여러 샘플을 동시에 분석하는 것이 중요합니다.

  • E6440S NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs)
  • Set 1-5까지 선택 가능
  • 다양한 샘플을 동시에 처리 가능하여 비용 절감

🔥 결론: 최적의 RNA-seq 준비 전략

RNA-seq 실험을 성공적으로 수행하려면 rRNA 제거와 라이브러리 제작이 핵심입니다.

  • ✅ rRNA 제거 키트 선택:
    • 세균 rRNA 제거 → E7850
    • 사람/마우스/랫 rRNA 제거 → E7405
    • 혈액 샘플(글로빈 & rRNA) 제거 → E7750
  • ✅ RNA Library Kit 선택:
    • 빠른 실험(3시간 내 완료) → E3330
    • 다양한 실험 조건 조절 → E7765
  • ✅ Multiplex Oligos 사용:
    • E6440S를 활용하여 샘플당 시퀀싱 비용 절감

🎯 NEB 제품을 활용하면 RNA-seq의 데이터 품질을 극대화할 수 있습니다!

📌 다음 실험을 계획하고 계신가요? NEB의 고품질 제품과 함께 RNA-seq 실험을 최적화하세요! 🚀

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