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FFPE 시료 DNA 손상, 완벽하게 복구하는 NEBNext® FFPE DNA Repair v2 모듈 가이드 안녕하세요, 바이오 연구자 여러분!🔬 오늘은 까다로운 FFPE(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) 시료를 다루는 분들을 위해 아주 유용한 정보를 가져왔습니다. FFPE는 보존성이 뛰어나지만, DNA가 심하게 손상되는 문제가 있어 차세대 염기서열 분석(NGS)과 같은 정밀한 실험에 사용하기 어렵다는 단점이 있습니다. 특히 DNA 탈아미노화(deamination) 와 같은 손상은 염기 서열을 왜곡하여 잘못된 분석 결과를 초래할 수 있습니다. 하지만 걱정하지 마세요! NEBNext® FFPE DNA Repair v2 Module 이 손상된 DNA를 효과적으로 복구하여 여러분의 실험 성공률을 크게 높여줄 수 있습니다. 이 글을 통해 FFPE 시료의 DNA 손상 원리와 복구 메커니즘, 그리고 NEBNext의 솔루션까지 자세히 알아보겠습니다. 왜 FFPE 시료의 DNA는 손상될까? FFPE(포르말린 고정 파라핀 포매) 과정은 조직을 영구적으로 보존하는 데 탁월합니다. 하지만 이 과정에서 사용되는 포르말린(formalin) 은 DNA에 치명적인 손상을 입힙니다. 포르말린은 DNA 가닥을 서로 교차 결합(cross-linking)시키고, 염기쌍을 변형시키며, 탈아미노화(deamination) , 산화(oxidation) , 닉(nicks) , 그리고 AP(abasic) sites 와 같은 다양한 손상을 유발합니다. 특히 탈아미노화 는 시토신(cytosine)이 우라실(uracil)로 변환되는 현상으로, PCR이나 NGS 과정에서 우라실이 티민(thymine)으로 오인식되어 염기 서열에 오류를 일으킵니다. 이러한 손상들은 유전체 분석의 정확성을 크게 ...

Complete DNA Damage Repair in FFPE Samples: NEBNext® FFPE DNA Repair v2 Module Guide Is Damaged FFPE DNA Derailing Your NGS? Unlock High-Quality Results with NEBNext® FFPE DNA Repair v2 Module! Hello, fellow bioscience researchers! 🔬 Today, I've brought some incredibly useful information for those of you working with challenging FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) samples. While FFPE samples offer excellent preservation, they often suffer from severe DNA damage, making them difficult to use for precise experiments like Next-Generation Sequencing (NGS). In particular, DNA damage such as deamination can distort base sequences, leading to erroneous analysis results. But don't worry! The NEBNext® FFPE DNA Repair v2 Module can effectively repair damaged DNA, significantly increasing your experimental success rate. In this article, we'll delve into the causes of DNA damage in FFPE samples, the repair m...

Decoding the Human Genome: The ENCODE Project and ChIP-seq Unveiled Decoding the Human Genome: The ENCODE Project and ChIP-seq Unveiled Have you ever wondered what makes us, well, us ? Beyond the familiar sequence of A, T, C, and G, our DNA holds a vast, intricate landscape of functional elements that dictate everything from our eye color to our susceptibility to diseases. For decades, scientists have grappled with the sheer complexity of the human genome, but thanks to groundbreaking initiatives like the ENCODE Project and powerful technologies such as ChIP-seq , we're finally beginning to unravel its deepest secrets. Ready to explore the hidden language of our genes? Let's dive in! The Grand Vision: Unveiling the ENCODE Project The ENCODE Project (Encyclopedia of DNA Elements) isn't just another scientific endeavor; it's a monumental undertaking with one ultimate goal: to b...

Mastering NGS Library Prep: Your Guide to Successful DNA Fragmentation & PCR Optimization Mastering NGS Library Prep Welcome to the cutting-edge world of bioinformatics! Have you ever wondered about the secrets behind successful Next-Generation Sequencing (NGS) experiments? NGS has revolutionized life science research, but let's be honest, its intricate process can be a bit daunting. And when it comes to NGS, library preparation is arguably the most crucial step. A tiny misstep here can jeopardize your entire experiment! That's why today, we're diving deep into two core components of NGS library preparation: DNA fragmentation and PCR cycle optimization . I'm here to share all my insights and help you navigate these critical stages, ensuring your NGS experiments are as successful as possible. Ready to unlock the full potential of your sequencing data? Let's get started! NGS Sequencing Success: It All Starts with DNA...

Mastering Human and Bacterial rRNA Depletion with NEBNext Kits In high-sensitivity RNA analyses, such as RNA-Seq or metatranscriptomics , reducing the proportion of ribosomal RNA (rRNA) in your sample is absolutely critical. In particular, it is common to need to remove both human and bacterial rRNA at the same time. In this post, I’ll walk you through exactly how to efficiently deplete human + bacterial rRNA in a single reaction using the NEBNext v2 rRNA Depletion Kit , and how you can design species-specific custom probes to target any organism of interest. 1. Why rRNA Depletion Matters Most biological samples contain 80–90% rRNA as part of their total RNA. If you sequence without removing that rRNA, the reads will be dominated by ribosomal transcripts, and your mRNA , noncoding RNAs , or microbial RNAs of interest will be buried in the noise. Without rRNA depletion : low usable ...

How to Use T4 RNA Ligases with NEB E7330s for Small RNA Library Prep How to Use T4 RNA Ligases with NEB E7330s for Small RNA Library Prep [NEB E7330s] Are the 3’ and 5’ Adaptors Pre-adenylated? What Ligase Should You Use? When preparing small RNA libraries, choosing the correct adaptor format and ligase enzyme is critical for ligation efficiency and specificity. In this article, we’ll clarify the properties of the 3’ and 5’ adaptors in NEB’s E7330s kit and recommend the most suitable ligases for optimal performance. ✅ Are the 3’ and 5’ adaptors in the E7330s kit pre-adenylated? 3’ adaptor : Pre-adenylated single-stranded DNA adaptor (5’rApp format) 5’ adaptor : RNA adaptor , not pre-adenylated These sequences are listed on page 16 of the official NEBNext manual. 📄 View NEB E7330s Manual 🔬 Why is pre-adenylation important? Pre-adenylated adaptors are chemically modified to contain an adenyl gro...

Does NEBNext rRNA Depletion Kit Work for Your Species? | Comprehensive Guide Does NEBNext rRNA Depletion Kit Work for Your Species? A Comprehensive Guide rRNA depletion is a critical step in RNA-seq workflows, especially for non-model organisms where ribosomal RNA (rRNA) can dominate 90% of total RNA . The NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) is widely used, but can it effectively deplete rRNA in other species? This article explores cross-species compatibility , success stories, limitations, and alternatives for RNase H-based rRNA depletion . How the NEBNext rRNA Depletion Kit Works The NEBNext rRNA Depletion Kit v2 (E7400) uses DNA probes designed to hybridize with human, mouse, and rat rRNA sequences , followed by RNase H digestion to remove rRNA. The process involves: Probe Hybridization : DNA probes bind to 5S, 5.8S, 18S, 28S, mitochondrial 12S...

WGA 반응 설정 조건 및 제품 권장사항 (phi29, WGA, T7 Endonuclease I 활용) WGA 반응 설정 조건 및 제품 권장사항 (phi29, WGA, T7 Endonuclease I 활용) Whole Genome Amplification (WGA) 은 극미량의 DNA를 증폭할 때 필수적인 기술입니다. 특히 phi29 DNA polymerase 를 사용하면 높은 신장성(processivity) 과 오류율이 낮은 증폭 이 가능해집니다. 이번 포스팅에서는 효율적인 WGA 반응 조건 , 최적화된 시약 조합 , 그리고 시퀀싱 전 필수적인 T7 Endonuclease I 처리 방법 까지 상세히 다뤄보겠습니다. 1. WGA 반응의 핵심: phi29 DNA polymerase phi29 DNA polymerase 는 rolling circle amplification (RCA) 과 WGA 에 최적화된 효소입니다. 기존의 Taq polymerase와 비교했을 때 3′→5′ exonuclease 활성(proofreading) 이 있어 오류가 적고, 긴 DNA 조각(>70 kb) 도 안정적으로 증폭할 수 있습니다. ✔ phi29를 사용하는 이유 높은 processivity : 한 번 결합하면 수십 kb를 연속적으로 합성합니다. 저오류율 : PCR보다 돌연변이 발생 확률이 현저히 낮습니다. Strand displacement 활성 : 추가적인 변성 단계 없이도 이중가닥 DNA를 풀어냅니다. "그렇다면 정확히 어떤 조건에서 반응을 설정해야 할까요?" 2. WGA 반응 조건 상세 가이드 2-1. 기본 반응 구성 시약 부피 (μl) ...

RNA sequencing 준비사항 RNA Sequencing 준비사항: RNA-seq, rRNA 제거 및 라이브러리 제작 RNA 시퀀싱(RNA-seq)은 유전체 연구에서 필수적인 기술로, 세포 내 RNA의 전체 프로파일을 분석하여 유전자 발현과 전사체 변화를 파악하는 데 활용됩니다. 하지만 성공적인 RNA-seq 분석을 위해서는 적절한 rRNA 제거(rRNA depletion) 및 고품질 RNA 라이브러리(library) 제작이 필수적입니다. 이 글에서는 RNA-seq을 위한 중요한 준비 단계와 NEB의 고성능 rRNA 제거 키트 및 라이브러리 제작 키트에 대해 자세히 설명합니다. 📌 RNA-seq 준비 과정 RNA-seq 실험을 성공적으로 수행하려면 다음 단계를 철저히 준비해야 합니다. 샘플 준비 및 RNA 추출 rRNA 제거(rRNA depletion) 또는 Poly(A) 선택(poly(A) enrichment) 라이브러리 제작(library preparation) 및 증폭 시퀀싱(Sequencing) 및 데이터 분석 🔬 1. rRNA 제거: 실험의 성패를 좌우하는 핵심 과정 총 RNA(total RNA)에는 단백질을 암호화하는 mRNA뿐만 아니라 리보솜 RNA(rRNA), 전이 RNA(tRNA), 비암호화 RNA(ncRNA) 등이 포함되어 있습니다. 이 중 rRNA는 RNA-seq에서 가장 큰 노이즈(background signal)로 작용하기 때문에 제거하는 것이 중요합니다. 🔥 rRNA 제거 방식 ✅ Enzymatic depletion (효소 기반 제거) ✅ Oligo-based depletion (올리고 기반 ...

극소량 DNA의 라이브러리 수율 향상 방법 및 실험 팁 극소량 DNA의 라이브러리 수율 향상 방법 및 실험 팁 DNA 라이브러리 제작 과정에서 극소량의 DNA를 사용해야 하는 경우, 성공적인 결과를 얻기 위해 여러 가지 중요한 사항을 고려해야 합니다. 특히, oocyte(난자)나 embryo(배아)와 같은 검체로부터 DNA를 추출할 때, 검체의 특성과 DNA의 상태를 파악하는 것이 핵심입니다. 1. 극소량 DNA 샘플의 특징과 전처리 방법 제가 oocyte나 embryo를 직접 사용해본 경험은 없지만, 일반적으로 DNA의 integrity(완전성)와 purity(순도)가 좋다면 라이브러리 키트를 사용하는 데 문제가 없을 것입니다. 그러나 FFPE 샘플이나 purity가 좋지 않은 경우에는 DNA repair 또는 Cleanup kit를 사용하여 전처리하는 것이 좋습니다. 세포에서 얻은 DNA라면 별다른 문제는 발생하지 않을 것입니다. 2. DNA Input 및 라이브러리 Copy 수 계산 DNA input에서 얼마나 많은 genome copy가 포함되어 있는지 파악하는 것이 중요합니다. 라이브러리에 포함된 copy 수를 대략적으로 계산해 볼 수 있으며, 이 정보는 실험 설계에 매우 유용합니다. 계산 예시 (Human gDNA, 1n 기준): 인간 게놈 크기: 3.3 × 10 9 bp (1n) 1 bp의 평균 분자량: 650 Da (g/mol) 아보가드로 수: 6.022 × 10 23 분자/mol 1. 게놈의 총 분자량: 3.3 × 10 9 × 650 = 2.145 × 10 12 g/mol 2. 게놈의 질량: 2.145 × 10 12 / (6.022 × 10 23 ) = 약 3.56 × 10 -12 g 3. 유전체 ...